Я выгрузил мой проект WIT (файл *.wit) на сервер, но здесь не нахожу сайта Web.

Во первых, не путайте исходный документ WIT (файл *.wit) с его ресурсами (например, рисунками, на которые есть ссылки), и с создаваемым сайтом web.

В идеале документ WIT надо размещать в подкаталоге "Project" каталога WIT, а ресурсы могут быть где угодно на диске.

Создаваемый сайт Web размещается в специальном каталоге, который вы выбираете во время создания. Например, вы указали "C:\webgen". (Лучше не создавать сайт Web прямо в подкаталоге проекта чтобы отделять исходные файлы от создаваемых файлов).

Выгружаются только создаваемые файлы сайта (содержание каталога "C:\webgen"). Они и **являются** сайтом Web, и их схема должна быть сохранена при выгрузке.
В каталоге "C:\webgen" вы будете иметь главные страницы сайта и стили, в подкаталоге "C:\webgen\text" созданные страницы, и в подкаталоге "C:\webgen\icons" будут копии ваших исходных оригиналов рисунков.

Каталог C:\webgen разрастается поскольку все его содержание либо создается, либо копируется. Вы можете удалить его когда захотите и снова создать повторно сайт с помощью WIT.

Каталог проекта WIT и его данные (*.wit, исходные рисунки...) являются ценными данными. Поэтому храните их в безопасном месте, но их выгружать не нужно.

При выгрузке содержания каталога "C:\webgen" вы должны сохранять исходную структуру файлов (не перемещайте файлы, или иначе связи сайта станут разорванными) :
- файлы из каталога C:\webgen будут помещаться в корень сайта (/),
- файлы из подкаталога C:\webgen\text будут помещены в каталог /text,
- и файлы из подкаталога C:\webgen\icons будут помещены в каталог /icons .